かつて物見櫓として使用されていた建物。もともとは鶴ヶ城の本丸内にありましたが、焼失した本堂の代用とするため、1870年に阿弥陀寺内に移築されました。戊辰戦争によって鶴ヶ城の遺構はほぼ破却されてしまいましたが、御三階は移築されたことで破却を免れ、現在は唯一当時のままを残す鶴ヶ城の遺構となっています。鶴ヶ城本丸内でも、御三階があった跡のみ確認できます。移築当時は現在の場所ではなく、境内の北西に建てられていたようです。
外観は3階建てとなっていますが、内部は4階建ての構造。2階と3階の間に天井の低い部屋があり、梯子を上げることで密談ができるように工夫されていました。そのため、幹部などが重要な話し合いをする密儀所としても利用されていたと考えられています。

残念ながら内部に入ることはできないので、外観の見学のみとなります。年季の入った木造の柱と白漆喰の壁は、重厚感のある雰囲気。会津葵が刻まれた瓦や、唐破風も上品です。
御三階のある阿弥陀寺には駐車場はありません。車で行く場合は、七日町通りの有料駐車場を利用しましょう。